Проследить время начала испытаний некоторых видов рода Malus оказывается очень сложно, так как упоминания об их наличии в Саду нередко можно почерпнуть только из «Перечней семян», т. е. о плодоносящих экземплярах. При этом некоторые виды, вероятно, плодоносили, будучи первоначально выращенными в горшечном арборетуме, а виды, растущие на участке Сада, называемом «Огород», возможно, не всегда учитывались в каталогах. Нет уверенности и в том, что в «Перечнях семян» указано наличие семян, собранных именно в Саду, а не привезенных из экспедиций.

Первые упоминания о видах яблони в открытом грунте относятся к 1793 г.: М. domestica Borkh. (= Pyrus malus L.) (1793— 1873, 1949—2005). К 1816 г. в Саду уже растут М. baccata (L.) Borkh. (= М. sibirica (Maxim.) Kom., M. pallasiana Juz.) (до 1816—2005) и М. х prunifolia (Willd.) Borkh. (= P. prunifolia Willd.) (до 1816—1868, 1892—2005). Возможно, в 40-х гг. XIX в. появилась в коллекции М. mandshurica (Maxim.) Кот. (= Р. сеrusifera Tausch, M. sachalinensis (Кот.) Juz.), первые сведения о произрастании которой в Саду весьма отрывочны (до 1852— 1860, 1883, 1897—1900, до 1927—2005).

В 50—60-х гг. XIX в. началось испытание 8 видов яблони: М. х cerasifera Spach (M. x prunifolia x M. baccata) (1857—1869, 1912—2005), М. sylvestris (L.) Mill. (1857—1913, до 1930—2005, возможно, была в коллекции без перерыва), М. х floribunda Siebold (M. baccata x M. sieboldii) (1858—1881, ок.1938— 1965—?, 1983—2005), М. coronaria (L.) Mill. (?1816, 1861—1868), М. х spectabilis (Aiton) Borkh. (= P. spectabilis Aiton) (?1845, 1861—1887, 1959—1967), M. toringo Siebold (= M. sieboldii (Regel) Rehder (до 1862—1898, ок. 1920—1930, до 1938—2005), M. х scheideckeri Spaeth (M. floribunda x M. prunifolia) (1864—1865, 1946—1965—?), М. pumila Mill. (? до 1852—1861, до 1945—1957). В 1864 г. в открытом грунте появилась М. х prunifolia var. rinki (Koidz.) Rehder (= M. ringo Siebold) (1864—1873, 1887, до 1940— 1994).

Последним видом, отмеченным в коллекции в XIX в., была М. fusca (Raf.) С. К. Schneid. (= М. rivularis M. Roem.) (1886— 1898, до 1935—?, 1941—1942, 1982—2002).

В начале XX в. были испытаны М. sargentii Rehder (ок. 1920— 1935, 1989—1997) и М. х zumi (Matsum.) Rehder (M. mandshurica х М. sieboldii) (ок. 1920—1932, до 1949—1951). Оба вида в «Перечне семян» упоминаются как плодоносящие в 1927 г. В «Перечне семян» 1940 г. появляются единожды М. ргаесох (Pall.) Borkh. (до 1940—?) и М. orthocarpa Lavall. (до 1940—?, 1947—1950). Последний вид с 1899 по 1939 г. содержался в горшечном арборетуме (семена из Лейдена, Голландия) и не исключено, что плодоносящим мог быть именно горшечный экземпляр, высаженный в грунт.

Начиная с 1945 г., в течение 10 лет через коллекцию прошли следующие новые виды, не считая повторных испытаний: М. х micromalus Makino (M. spectabilis x ?M. baccata) (1945— 1953), М. х purpurea (Barbier) Rehder (= М. floribunda purpurea Barbier) (M. niedzwetzkyana x M. atrosanguinea) (1945—1967, 1986—2005), M. sikkimensis (Wenzig) Koehne (1945—1967), M. x hupehensis (Pamp.) Rehder (= M. theifera Rehder) (1946—1967), M. x robusta (Carriere) Rehder var. persicifolia Rehder (до 1949— 1951), M. sieversii (Ledeb.) M. Roem. (= P. sieversii Ledeb., M. kirghisorum Al. Theod. et Fed., M. hissarica Kudr.) (1949—1967, 1976—2005). M. niedzwetzkyana Dieck. (1950—1974; 1913 — горш. арб.), М. x floribunda f. microcarpa Hort. (1955—1967—?), M. yunnanensis (Franch.) С. К. Schneid. (1957—1979), M. halliana (Anon.) Koehne (1957—2005).

В конце 80-х гг. XX в. были испытаны, но оказались незимостойкими М. orientalis Uglitzk. (1987—1991) и М. tschonoskii (Maxim.) С. К. Schneid. (1989—1991).

Как упоминалось выше, на территории Сада располагался участок открытого грунта, именуемый «Огород». Согласно Э. Регелю, в 1873 г. на этом участке выращивались помимо травянистых растений, плодовые деревья и кустарники, насчитывавшие 140 сортов. Большое число новых разновидностей и форм этих древесных, в том числе яблонь, были описаны Э. Регелем и включены в каталоги Сада:

М. baccata: var. aurantiaca Regel (до 1861—1923), var. cerasifera Regel (1861 — плод.), var. cerasiformis Regel (1858—1927), var. costata Regel (1867—1927), var. edulis Regel (1870— 1924; 1933—1939 —горш. арб.), var. genuina Regel (1858—1923), var. macrocarpa Regel (до 1839—1910), var. microcarpa Regel (до 1839—1923), var. oblonga Regel (до 1858—1874), var. oblongata Regel (1858—1866,  1879—1881), var. praecox Regel (до 1853—1887), var. serotina Regel (до 1853—1858).

M. x prunifolia: как плодоносящие отмечены: в 1858—1861 гг. — var. intermedia Regel, var. oviformis Regel, в 1861 г. — var. calvillea Regel, var. chlorocarpa Regel, var. conocarpa Regel, var. macrocarpa Regel, var. xanthocarpa M. Roem. (1861, 1905), var. cerasiformis (1927). В конце XX в. были испытаны: f. coccinea Dippel (до 1960—2005), f. lutea (до 1960—1992—?).

M. mandshurica: как плодоносящие были отмечены 3 формы Pyrus cerasifera Tausch (синоним): f. macrocarpa (до 1853—1858), f. xanthocarpa (до 1853—1858) и f. calvillea (до 1856—1858).
M. x cerasifera: var. edulis Regel (до 1927—1941), f. coccinea Za-bel (до 1960—2005), f. coccinea macrocarpa Zabel (до 1950—2000—?), f. fructo luteo Zabel (до 1940—2005).

M. x purpurea: f. aldenhamensis (Gibbs.) Render (1988—1991) f. eleyi (Bean) Rehder (1988—1996).

M. sargentii: 'Eleyi' (1994—1996).

Осенью 1948 г. были привезены из питомника Научно-исследовательского плодово-ягодного института им. И. В. Мичурина (г. Мичуринск) привитые двухлетние саженцы мичуринских сортов М. domestica ('Коричная китайка', 'Коричное полосатое', 'Бельфлер-китайка', 'Славянка', 'Кальвиль анисовый', 'Шафран-китайка' и др. — всего 17 сортов). Весной 1949 г. они были высажены в парке и на экспериментальном («мичуринском») питомнике. Начиная с 60-х гг., часть некоторых из этих сортовых яблонь постепенно убиралась как обмерзающая и не представляющая научной ценности. Последние 3 экземпляра были убраны из парка в 1995 г.

По А. Редеру (1949), М. х floribunda была введена в культуру в 1862 г. В нашей коллекции она появилась до 1858 г. — возможно, это первое введение в культуру этого вида.