Правила, регулирующие международные научные названия растений, изложены в «Международном кодексе ботанической номенклатуры». Они устанавливаются Ботаническими конгрессами. Эти названия, как правило, образуются из слов языка древних римлян — латинского; допускаются слова любого другого языка, преимущественно древнегреческого; допускаются даже произвольные сочетания букв, но все они должны быть латинизированы, т. е. подчинены правилам латинской грамматики и написаны латинскими буквами (исключение — названия сортов, о чем сказано ниже). Примеры: названия родов Korolkowia и Puschkinia происходят от русских фамилий — ботаника Н. И. Королькова и путешественника А. А. Мусина-Пушкина.

Один из важнейших принципов номенклатуры — принцип приоритета: обязательно название самое раннее начиная с 1753 г., когда вышла книга Карла Линнея «Species Plantarum» («Виды растений»). В ней он положил начало бинарным (двусловным) названиям видов растений, состоящим из названия рода (имени существительного в именительном падеже единственного числа) и видового эпитета. Законным признается название, опубликованное в научной книге или журнале; после 1935 г. оно должно сопровождаться диагнозом (описанием) на латинском языке. Описание сортов культурных растений может быть на любом языке.

Видовым эпитетом чаще всего бывает прилагательное, означающее какой-либо отличительный признак: окраску цветков, форму листьев, область распространения и др. В этом случае видовым эпитетом русского названия будет также прилагательное. Удобно воспользоваться тем, что в живой русской речи прилагательное ставится перед существительным, а в латинском — после него: так, необычное сочетание «фиалка душистая» можно закрепить за определенным видом, именно Viola odorata, тогда как «душистая фиалка» может относиться к любому приятно пахнущему виду этого рода.

Видовые эпитеты, происходящие от имен и фамилий, могут быть в форме имени существительного в родительном падеже; женские имена получают окончание «ае» (Eremurus olgae — Эремурус Ольги); мужские, оканчивающиеся на гласную или «r», получают окончание   «i» (Tulipa florenskyi — Тюльпан Флоренского, Т. eichleri — Т. Эйхлера); в остальных случаях — «ii» (Т. korolkowii — Т. Королькова). Они могут быть и в форме прилагательного, в грамматическом роде согласованного с родовым названием: Tulipa (женского рода) wilsoniana — Т. вильсоновский; Crocus (мужского рода) suworowianus — Шафран суворовский; Lilium (среднего рода) szovitsianum — Лилия совичевская. Эпитеты могут быть и существительными в именительном падеже, например бывшие родовые названия (Аllium cepa). В последнее время большинство ботаников пишет видовые эпитеты в отличие от родовых названий со строчной буквы, независимо от их происхождения.

После латинского (или латинизированного) названия пишется фамилия его автора, обычно сокращенно: так, авторство К. Линнея обозначается буквой «L.», В. Л. Комарова — «Kom.».

Для изменения международного научного названия должны быть серьезные основания, предусмотренные «Международным кодексом», например перенос вида в другой род; при этом видовой эпитет сохраняется, а автор старого названия указывается в скобках перед автором нового. Например, Convallaria multiflora L. переименована в Polygonatum multiflorum (L.) All. Конгрессы в приложениях к «Кодексу» закрепляют непервоначальные, но широко укоренившиеся названия семейств и родовые названия. Так, родовое название Brodiaea сохраняется вместо Ноокеrа.

Вид является основным таксоном как дикорастущих, так и культурных растений; в его пределах могут различаться таксоны более низкого ранга: подвид (subspecies, сокращенно subsp.), разновидность (varietes — var.), форма (forma — f.). Основным внутривидовым таксоном культурных растений, отличающихся от исходного дикорастущего предка признаками, приобретенными в культуре, служит сорт (культивар); сходные сорта могут быть объединены в группы сортов (сортогруппы). Внутривидовые таксоны, кроме сортов, имеют эпитеты, подобные видовым, обычно в форме прилагательного, согласованного в грамматическом роде с родовым названием. Они пишутся после сокращенного обозначения таксона (subsp., var., f.). Например: Trifolium stellatum f. nanum.

Название сорта после 1 января 1959 г. может быть дано на любом языке, кроме латинского; присвоенные до этой даты латинские названия сортов сохраняются. Название сорта пишется всегда с заглавной буквы, включая все слова этого названия. Оно заключается в одинарные кавычки или перед ним ставится сокращение слова «культивар» — cv. Кавычки и «cv» можно не применять при перечислении сортов, озаглавленном словом «сорта».

Названия внутривидовых таксонов пишутся после видового названия в порядке возрастающей дробности: подвид, разновидность, форма, культивар (Aster ageratoides Turcz. var. harae (Makino) Kitam. f. yezoensis (Kitam. et Hara) Ohwi cv. Hortensis). Название культивара может присоединяться не только к международному названию вида, но и к обиходному, национальному (например, русскому), а также к международному названию рода, которое в таком случае рекомендуется писать курсивом (например, Lilium 'Восток').
Другой важнейший принцип, положенный в основу «Международного кодекса», — принцип типификации. Типом вида и внутривидовых таксонов служит отдельный гербарный экземпляр; типом рода и таксонов, промежуточных между родом и видом — вид; типом семейства и таксонов между ним и родом — род. Принципы приоритета и типификации не применяются к названиям таксонов выше семейства. Однако в последнее время акад. А. Л. Тахтаджян и другие ученые предлагают распространить типификацию на все таксоны.

Близкие виды объединяются в род (genus), близкие роды — в семейство (familia), название которого образуется, как правило, в форме прилагательного множественного числа от основы названия типового рода с добавлением окончания «асеае» (например, Liliaceae от Lilium — Лилейные от Лилия); семейства — в порядок (ordo) с окончанием «ales» (Liliales); порядки — в класс (classis) с окончанием «opsida» (Liliopsida, или Monocotyledones — Лилиаты, или Однодольные); классы — в отдел (divisio) с окончанием «ophyta» (Magnoliophyta, или Angiospermae — Покрытосеменные).

Могут применяться и промежуточные таксоны, из которых чаще других встречаются: подсемейство (subfamilia) с окончанием «oideae» (Lilioideae) и колено, или триба (tribus) с окончанием «еае» (Liliеаe) — между семейством и родом; подрод (subgenus), секция (sectio), ряд, или серия (series) — между родом и видом.
Названием гибридных растений могут быть или формула, составленная из названий родителей, соединенных знаком «X», или коллективное название всех форм и сортов, возникших от скрещивания данной пары родителей. Например, один из межродовых гибридов пшеницы с пыреем, полученных акад. Н. В. Цициным, обозначается формулой: Тritiсиm compactum Host X Agropyrum elongatum (Host) Beauv. Примером формулы межвидового гибрида может служить Lilium martagon L. X L. han-sonii Lechtl.; коллективное название этого гибрида: Lilium X marhan — комбинация из частей видовых эпитетов родителей. Таким же способом можно образовать коллективное название и для межродовых гибридов, например ржано-пшеничный гибрид (Тritiсит X Secale) назван Triticale. Коллективное название гибридов может быть и на современном языке, например Lilium Bellingham Hybrids — межвидовой гибрид Lilium humboldtii X pardalinum. Оно может быть и латинским, и латинизированным (Lilium X hollandicum Bergmans).

Химеры, или прививочные (вегетативные) «гибриды», получают названия, аналогичные настоящим (половым) гибридам, но со знаком «+». В настоящем справочнике русские названия родов растений представлены двумя типами: русским эквивалентом (например, Allium — Лук) или, если он отсутствует, транслитерацией латинского названия (например, Zephyranthes — Зефирантес).

Многие международные названия родов растений прочно вошли в русский язык и более знакомы специалистам и любителям, чем старинные русские названия, а тем более не всегда удачные переводы. Так, слово «Ирис» звучит привычнее, чем «Касатик» или «Петушки»; слово «Аквилегия» привычнее, чем оба перевода этого слова: «Водосбор» (aqua — вода, legere — собирать), «Орлик» (Aquila — орел). Предпочтительнее основными русскими названиями считать «обрусевшую латынь» и не засорять русский язык переводными и полузабытыми названиями. Особенно это относится к родам, у нас в стране не представленным. Но, конечно, нет нужды отказываться от таких широко известных названий, как «Лук», «Мак», «Гвоздика».

Кроме основных международных и русских названий в нашем пособии приводятся в скобках наиболее распространенные синонимы, с которыми читатель может встретиться в специальной литературе.